Hvis man i revisionsprocessen i manuskriptet flytter rundt på tekstafsnit og derved på referencer, så vil referenceprogrammet så at sige følge med, dvs. numrene på artiklerne vil automatisk blive korrigeret. Dette er en fantastisk smart ting, som i sig selv kan retfærdiggøre brugen af referenceprogrammet, specielt hvis man skriver artikler på en måde, hvor der ofte bliver rykket rundt på sætninger eller afsnit, når manuskriptet går ind i revisionsprocessen i forfattergruppen.
Fordelen blegner måske lidt, hvis man skriver artikler på en måde, hvor man forbereder sig meget grundigt i selve dispositionsfasen – og afstemt med forfattergruppen - inden artiklen skrives. Med denne metode ved man helt nøjagtigt, hvor hver reference skal anvendes, før man skriver en enkelt linje af den endelige artikeltekst. På denne måde bliver der næsten ikke flyttet rundt på noget i revisionsprocessen, og denne specielle fordel ved anvendelse af referenceprogram er derfor ikke så vigtig mere.
Når alt det positive således er sagt om referenceprogrammerne, er det meget vigtigt at forstå, at ingen referenceprogrammer er 100% fejlfrie. Dette betyder, at når man har gjort sin artikel færdig, og referencelisten derved vurderes at være færdig, så slår man koderne fra og gennemgår referencerne én for én manuelt. Det vil sige, at hvert enkelt bogstav, komma, punktum osv. skal vurderes af dig selv og tilrettes den endelige formatering.
Referenceprogrammerne laver fejl af forskellig art, selvom de selvfølgelig ikke burde gøre dette. Man skal således tjekke referencelisten grundigt inden submission, og der må ikke være én eneste mikroskopisk fejl. Tænk på, at referencelisten giver et indtryk til redaktør og bedømmere, og hvis der er fejl i referencelisten, ja så kan man måske mistænke, at der også er fejl i data- og resultatbearbejdning. Det giver derfor et meget dårligt helhedsindtryk, hvis der ikke er en knivskarp og fejlfri referenceliste.