I dagene umiddelbart efter tyfonens hærgen var de største problemer for de overlevende adgang til mad, rent vand og husly. Mere end en million huse blev ødelagt af tyfonen. Det var ekstremt vanskeligt at få human og materiel nødhjælp frem til de berørte områder. I begyndelsen foregik al transport med militærfartøjer, men kommercielle fly er nu begyndt at operere igen.
Nationale data fra 2012 viser, at vaccinationsdækningen for MFR i byen Tacloban, et af de hårdest ramte områder, kun er 18 % Derfor påbegyndte WHO d. 26. november i samarbejde med Sundhedsministeriet en vaccinationskampagne, som omfatter mæslinger og polio samt A-vitamintilskud. Der er aktuelt ingen polio i landet, men en risiko for indførsel fra andre lande består, hvilket kunne have fatale konsekvenser også for den globale kamp imod polio. Vaccinationskampagnens målgruppe er børn under fem år, det er ca. 33.000 børn i Tacloban.
Med mange beskadigede sundhedsfaciliteter er der svær overbelægning på de fungerende hospitaler – nogle steder op imod fire kvinder og fire babyer pr. seng. Mange steder må patienterne ligge på gulvene. Mangel på personale, medicin og udstyr er en stor udfordring. Nogle hospitaler opererer på trods af mangel på stabil strøm og med skader på bygninger og tagkonstruktioner, hvorfor det regner ind på patienterne.
Et mobiltelefonbaseret rapporteringssytem til overvågning af patienthenvendelser er blevet aktiveret for at detektere og respondere på sygdomsudbrud. Pga. de dårlige hygiejneforhold, tætte boligforhold i evakueringscentre og begrænset adgang til rent drikkevand er der bekymring for udbrud af især leptospirose og diarrésygdomme. Desuden er der stor risiko for udbrud af myggeoverførte sygdomme som denguefeber.
De første FN-team til stede i de hårdest ramte områder kunne berette om infrastrukturelle skader på op imod 90 % og enorme mængder af debris og døde kroppe af både mennesker og dyr, der lå spredt rundtomkring overalt i landskabet. De overlevende ønskede at skaffe ligene af vejen så hurtigt som muligt. Eftersom landets lager af ligposer hurtigt blev tømt, begyndte man i flere lokalområder at grave massegrave. Holdene af retsmedicinske eksperter til stede kæmper nu for, at praksis bliver ændret til, at man venter med at brænde eller begrave ligene, til de er forsøgt identificeret.
