Development and applications of high resolution comparative genomic hybridization

Doktordisputatsen omfatter syv publicerede artikler og en sammenfattende redegørelse.

Arbejdet er udført i årene 1994-2001 på Kromosomlaboratoriet, Klinisk Genetisk Afdeling, H:S Rigshospitalet.

Komparativ genomisk hybridisering (CGH) er en molekylær cytogenetisk teknik, hvor man på en gang kan undersøge kromosomale ubalancer i et helt genom. Teknikken er baseret på in situ-hybridisering og udmærker sig ved at være uafhængig af mitotiske celler fra den prøve man ønsker at undersøge, idet der anvendes oprenset DNA. Af denne grund har metoden fundet vid anvendelse i cancerforskning. I de senere år har metoden desuden vist sig af betydning ved udredning eller bekræftelse af kromosomale ubalancer, som er påvist ved konventionel cytogenetisk diagnostik. CGH-teknikkens anvendelse har dog været begrænset af relativ lav sensitivitet og specificitet.

Arbejdet omhandler udvikling og anvendelse af »high resolution CGH«-metoden (HR-CGH). HR-CGH er karakteriseret ved at have en sensitivitet der er mindst tre gange så høj som den oprindelige CGH-metode, og i modsætning til denne ses der med HR-CGH praktisk talt ingen falsk-positive resultater.

HR-CGH blev anvendt ved analyse af 80 prøver fra patienter med dysplasi eller invasive tumorer fra livmoderhalsen. Det blev for første gang påvist, at der i præinvasive stadier findes karakteristiske kromosomforandringer, hvoraf de fleste også optræder i invasive tumorer. Resultaterne bekræftede ikke en fremherskende teori om at ekstra materiale fra kromosomarm 3q er forbundet med overgangen til invasivitet, idet denne kromosomforandring allerede kunne påvises i adskillige tidlige præinvasive stadier. Derimod tydede resultaterne på, at tab af materiale fra kromosomarm 3p for en del tumorers vedkommende netop var knyttet til denne overgang.

HR-CGH blev endvidere anvendt til screening af 144 patienter med mental retardering og dysmorfe træk samt normal konventionel karyotype og til analyse af 25 patienter med tilsyneladende balancerede translokationer forbundet med sygdom. I den førstnævnte gruppe blev der påvist 16 kromosomabnormiteter (11%), hvoraf de 11 var interstitielle. I den anden gruppe blev der påvist 6 interstitielle kromosomabnormiteter i 5 patienter. HR-CGH fremstår således som en yderst velegnet analyse til undersøgelse af de pågældende typer af patienter, i særdeleshed på grund af forekomsten af de mange interstitielle abnormiteter, som ikke ville kunne påvises med diverse teknikker til screening for kromosomabnormiteter i subtelomer-regioner.