Microarray based studies of cell death, a method development and application study

Afhandlingen består af tre artikler. Studierne er udført på Molekylær Diagnostisk Laboratorium, Klinisk Biokemisk Afdeling, Skejby Sygehus.

De biologiske processer, der fører til celledød i forbindelse med type 1-diabetes mellitus er endnu ikke fuldt forstået. Formålet med studiet har været at udvikle en genchip med et begrænset antal gener, der kan være relevante for apoptose i betaceller. Men også at beskrive ændringer i genudtrykket i makrofager, som udsættes for tungmetallet bismut.

Generne på chippen er repræsenteret af 60-mer oligonukleotid prober. Chippens funktion blev testet, dels ved variansanalyse, og lineær regression i forbindelse med fortyndingsrækker, dels ved sammenligning med kommercielle genchips fra Affymetrix. Analyserne viste en høj reproducerbarhed ved intern og ekstern replikation. Derudover udviste hovedparten af oligonukleotiderne en forventet respons i forhold til ændringer i koncentrationen af RNA-target. Sammenligningen med Affymetrix-genchips viste en god overensstemmelse mellem de to systemer. Der var desuden en tydelig sammenhæng mellem korrelationen og de valgte kvalitetskriterier ved sammenligningen. Dvs. frasortering af gener med lav intensitet, samt af gener med lav variation, medførte øget korrelation.

I bismut-studiet fandt vi, at bismut akkumuleres i cellernes lysosymer og forringer cellernes overlevelse. De mest ændrede gener tilhørte interessante funktionelle grupper, såsom kulhydratmetabolisme og forsvarsmekanismer, og forandringerne i genudtrykket minder om det, der ses ved iltmangel. Der var kun få gener relateret til apoptose. Blandt disse var Bnip3, og dataene antyder, at opreguleringen af dette gen kan forklare aktiveringen af programmeret celledød, som følge af bismut påvirkningen (apoptose).