Classification of colorectal cancer using microarrays

Denne ph.d.-afhandling blev udført på klinisk biokemisk afdeling, Skejby Sygehus, Århus. Formålet med ph.d.-afhandlingen var at identificere genekspressionsprofiler, der kunne karakterisere forskellige stadier af kolorektal cancer med henblik på at etablere en molekylær classifier samt at evaluere egne cDNA-microarrays, som blev produceret med det formål at verificere den molekylære classifier . Vi benyttede Affymetrix oligonukleotid microarrays til at analysere mere end 5.000 gener i biopsier fra sigmoid kolon og øvre del af rektum (normalt væv, samt Dukes' stadier A, B, C og D). Desuden blev tre forskellige softwarepakker til analyse af Affymetrix oligonukleotid microarrays evalueret. På basis af analyserne med Affymetrix oligonukleotid microarrays blev et datasæt, bestående af 124 gener, etableret med en såkaldt »nearest neighbour classifier«. Evaluering af datasættet viste, at normalt væv samt Dukes' B og Dukes' C cancer kunne klassificeres med mindre end 20% fejl; derimod kunne Dukes' A og Dukes' D ikke klassificeres korrekt. Nærmere analyse af datasættet resulterede i en række interessante genekspressionprofiler, der kunne adskille normalt væv, Dukes' B og Dukes' C. Disse inkluderede blandt andet profiler med mitokondrielle gener, stromaremoduleringsgener samt »heat shock«-gener. Ved sammmenligning af softwarepakkerne til analyse af Affymetrix microarrays var der kun en lille overensstemmelse mellem absolutte ekspressionsværdier (kun 28% af generne havde god korrelation). Derimod var der god overensstemmelse mellem softwarepakkerne, når relative (fold) ændringer i genekspression blev benyttet. Sammenligning af de relative (fold) ændringer på udvalgte gener med RT-PCR viste en tilfredsstillende korrelationskoefficient på 0,8 eller derover. Vi kunne også demonstrere, at vores egne producerede cDNA-microarrays var af god teknisk kvalitet.