Virkeligheden var dog en anden. Dødeligheden blandt de indsatte var høj. Underernæring, kulde, arbejdsdage på 15 timer og infektionssygdomme kostede mange livet. Alle byer var hjemsøgt af regelmæssige epidemier af kopper, pest, mæslinger, dysenteri, tyfus og plettyfus. Selv uden for Tugt- og Børnehusets mure var dødeligheden høj i de overbefolkede lejligheder, når epidemierne hærgede. Blandt anstaltens sammenstuvede indsatte var smittefaren, og dermed dødeligheden, betydeligt højere. Alene i 1632 døde 621 indsatte i Tugt- og Børnehuset.