Genekspressionsprofiler som prognostisk markør hos kvinder med ovariecancer

Ph.d.-afhandlingen udgår fra Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet, Syddansk Universitet, og de inkluderede studier er udført i et samarbejde mellem Gynækologisk-Obstetrisk Afdeling D og Afdeling for Biokemi, Farmakologi og Genetik, Odense Universitetshospital.

Formålet med ph.d.-studiet var at vurdere, om der findes en prognostisk genekspressionsprofil for epitelial ovarie cancer (EOC) ved udførelse af genekspressions-microarray- analyse på EOC-væv fra en dansk biobank med lang follow-uptid. Desuden skulle der foretages en sammenligning med data fra udenlandske studier. Afhandlingen bygger på tre originalartikler.

Biobankvævet havde været udsat for flere episoder af delvis optøning, der potentielt kunne påvirke RNA-kvaliteten og genekspressionsprofilerne. Der blev derfor udført et metodestudie til evaluering af effekten af gentagne tø-frys-cyklier. RNA-kvaliteten for otte prøver indsamlet i 1992-1997 og otte prøver indsamlet i 2004-2005 blev evalueret efter tre tø-frys-cyklier. RNA fra alle tre tø-frys-cyklier fra fire af de ældste tumorer blev undersøgt på microarrays. Studiet viste, at det er muligt at foretage mindst tre delinger ved stuetemperatur af en -80°C frosset vævsprøve, uden at RNA-kvaliteten og genekspressionssignaturen ændres signifikant.

Graden af intratumorheterogenitet i genekspressionsprofiler ved EOC var ikke kendt. For at belyse dette udførtes et studie, hvor tre prøver fra hver tumor blev undersøgt. Prøverne blev taget med størst mulig indbyrdes afstand under hensyntagen til, at det væv, der blev valgt, var EOC-væv. Microarray- analyse afslørede, at intratumorheterogeniteten for genekspressionssignaturer i EOC var meget beskeden sammenlignet med intertumorheterogeniteten. Det er derfor tilstrækkeligt at analysere en vævsprøve pr. tumor i f.eks. et prognostisk studie.

Det prognostiske studie blev udført på 43 EOC-vævsprøver indsamlet i 1994-1999 som en del af MALOVA-studiet. Microarray- analysen blev udført på samme type Affymetrix-chips som i heterogenitetsstudiet. Den ledte til fundet af en 14-genssignatur, der kan anvendes som en uafhængig prognostisk faktor for EOC. Denne signatur adskilte med stor nøjagtighed (log-rank p = 3,4 × 10-9 ) korttidsoverlevere, med en median overall -overlevelse på 32 måneder, fra en gruppe af langtidsoverlevere, med en medianoverlevelsestid, der endnu ikke er nået, efter en opfølgningstid på 76 måneder. Desuden var den fundne 14-gens-signatur i stand til at adskille langtids- og korttidsoverlevere i et udenlandsk materiale. Sådanne genlister kan muligvis anvendes i selektionen af patientgrupper til nye eksperimentelle behandlinger. Desuden vil den muligvis kunne danne baggrund for identifikation af malignt transformerede pathways, og disse vil potentielt være mål for nye behandlingsmodaliteter.