Akademisk afhandling
Global pathway-analyse ved brug af DNA-microarrays i skeletmuskulaturen hos kvinder med polycystisk ovariesyndrom
2. nov. 2007
2 min.
Ph.d.-afhandlingen er udført på Afdeling for Biokemi, Farmakologi og Genetik, Odense Universitetshospital.
Formålet med ph.d.-afhandlingen var: at identificere biologiske pathways af betydning for insulinresistens i skeletmuskulaturen i en gruppe af insulinresistente PCOS-patienter ved hjælp af global pathway -analyse (studie 1), at undersøge, om behandling med pioglitazon kan forbedre ændringer i musklens transkriptionsprofil, som er relateret til insulinresistens i skeletmuskulaturen hos PCOS-patienter (studie 2), og at udvikle en microarray-platform til global genekspressionsanalyse (studie 3).
Genekspressions-microarrays blev anvendt til at udføre global pathway -analyse, og disse resultater blev efterfølgende valideret med kvantitativ real time PCR (q-RT-PCR). Nedsat insulinstimuleret glukosemetabolisme i skeletmuskulaturen hos kvinder med PCOS er relateret til reduceret ekspression af gener, som er involveret i mitokondriel oxidativ fosforylering (OXPHOS), og q-RT-PCR viste, at nedregulering af disse gener muligvis medieres via en reduceret mængde af PGC-1α . Behandling med pioglitazon genoprettede delvist insulinfølsomheden hos kvinder med PCOS, og det var relateret til en signifikant opregulering af OXPHOS-gener i skeletmuskulaturen. Q-RT-PCR viste, at denne effekt af pioglitazon muligvis blev medieret via en øget mængde af PCC-1α .
I studie 3 blev et humant oligonukleotidbibliotek bestående af 29.134 targets spottet i duplikat på CodeLink-slides. Afstanden mellem spots på chippen samt spotmorfologien var tilfredsstillende. Microarraychippene havde en lav variationskoefficient (CV), høj præcision og nøjagtighed i en serie af selvhybridiseringseksperimenter.
Fremtidige studier af insulinresistens i skeletmuskulaturen hos PCOS-patienter bør fokusere på mere dybdegående undersøgelser af gener involveret i OXPHOS.
Den spottede microarray chip er rentabel i forhold til andre microarray-platforme og vil derfor være særdeles anvendelig i større epidemiologiske studier.