Skip to main content
Akademisk afhandling

Proteomic analysis of protein kinase A substrates and polo-like kinase 1 interactors using bioinformatics and mass spectrometry

Cand.scient. Majbrit Hjerrild: Forf.s adresse: Klinisk biokemisk afdeling, Amtssygehuset i Glostrup, Nordre Ringvej, DK-2600 Glostrup. E-mail: mh@dcb-glostrup.dk Forsvaret finder sted den 25. april 2006 kl. 9.00, Store mødesal, Panum Instituttet, Blegdamsvej 3, København. Bedømmere: Jørgen Olsen , professor John Mundy og professor Forest M. White , USA. Vejleder: Steen Gammeltoft .

10. apr. 2006
2 min.

Ph.d.-afhandlingen er udarbejdet i perioden september 2002- september 2005 på Klinisk biokemisk afdeling, Amtssygehuset i Glostrup.

Proteinfosforylering, katalyseret af proteinkinaser, er en vigtig biologisk reguleringsmekanisme. Halvdelen af alle cellulære proteiner forventes at være modificeret ved fosforylering. På trods af vigtigheden og hyppigheden af fosforylering er identificering af fosfoproteiner og lokalisering af fosforyleringssteder stadig en stor udfordring i proteomanalyse.

Formålet med dette ph.d.-projekt er at integrere molekylær biologi, massespektrometri og bioinformatik i fosfoproteomanalyse. Den første udfordring i fosfoproteomanalyse er identificering af nye kinasesubstrater. Computerbaseret sekvensanalyse kan forudsige mulige substrater for en udvalgt kinase. I dette projekt beskrives udvikling af kinasespecifikke kunstige neurale netværk for 12 proteinkinaser. Herefter blev det neurale netværk for proteinkinase A (PKA) valideret eksperimentelt. Den anden udfordring i fosfoproteomanalyse er identifikation af fosforyleringssteder. Massespektrometri er ofte den foretrukne metode til påvisning af fosforyleringssteder. Vi demonstrerer at LC-MS/MS er en effektiv metode til identifikation af fosforyleringssteder. Den tredje udfordring i fosfoproteomanalyse er detaljeret karakterisering af den fysiologiske betydning af fosforyleringsstedet. I dette ph.d.-projekt karakteriseres fire nye PKA-substrater: Necdin, RFX5, En-2 og Wee1 ved hjælp af bioinformatik, massespektrometri og molekylær biologi.

Under et halvt års forskerophold på Center for Cancer Research, Massachusetts Institute of Technology, undersøgte jeg polokinasen og identificerede over 500 proteiner, som bindes til Polo-Box-domænet ved hjælp af massespektrometri.