Frem mod hurtigere svar i genanalyserne

Sammen med fem kolleger fortolker Vivi Raundahl Gregersen dagligt 10-30 analyser for at understøtte lægernes diagnosticering og behandlingsplaner. Med next-generation sequencing (NGS) bliver bioanalytikernes analyser fortolket for molekylære ændringer i DNA og RNA. Variationer, små og store deletioner og amplifikationer samt genfusioner. 46 forskellige analysetyper, som de bestræber sig på at kunne alle sammen, så de kan dække ind for hinanden.

»Jeg ved, at der er mange patologiafdelinger, som ikke har en bioinformatiker ansat. Men det har været en kæmpe fordel for f.eks. vores nanoporeanalyse, hvor jeg har sat pipelinen op og automatiseret det sådan, at data fra laboratoriet sendes automatisk til os til fortolkning«, siger Vivi Raundahl Gregersen.

»Det er igennem samarbejdet med lægerne, at vi sikrer hurtige løsninger og dækning af de nationale retningslinjer, så vi kan overholde kræftpakkerne«.

»Ja, det var mine klinikere, som gerne ville have det«, supplerer Benedicte Parm Ulhøi, overlæge og ansvarlig for neuropatologi på afdelingen, med henvisning til nanoporeanalysen, der i teorien kan give svar på, præcis hvilken hjernetumor der er tale om, på blot et par timer ud fra friskfrosset væv. Og dermed genvinde tidsfaktoren på den i forhold til mikroskopering langsommere, men diagnostisk overlegne molekylæranalyse.

»Altså, efterhånden vilIe vi i dag ikke kunne lave sikker hjernetumordiagnostik uden genundersøgelser. I hjernetumorer er det lidt specielt, idet vi bruger begrebet ,integreret diagnose’, som er en kombination af mikroskopi og molekylære markører. Så hvis en tumor har nogle bestemte genfejl, kan det være definerende for, nøjagtigt hvilken slags tumor det er. Det er ret anderledes end tumorer i andre organer, hvor NGS ofte kun bruges til prognose og behandling. Men det gør jo, at vi hurtigere kan få lavet et patologisvar, så klinikerne kan bestemme, hvilken slags behandling der skal gives, og hvis de f.eks. skal have noget supplerende strålebehandling eller kemoterapi«, siger Benedicte Parm Ulhøi.

»Vi havde i sidste uge et barn med en hjernetumor. Ved hjælp af nanoporeanalysen fik vi faktisk allerede på dag 3 svar på, hvad det var for en slags tumor. Og det var en af den slags tumorer, man ikke kunne diagnosticere uden at have genanalyser. Den fik vi verificeret i vores NGS-analyse på dag 5, hvor patologisvaret så blev færdigt, så børnelægerne kunne afgøre, hvilken efterbehandling barnet skulle have«.

Hverdagen som læge har ændret sig

Hermed et meget konkret eksempel på værdien af samarbejdet mellem læger og kliniske akademikere på Patologi, Aarhus Universitetshospital. Emnet for interviewet her.

Benedicte Parm Ulhøi beskriver, hvordan hjernetumordiagnostik i dag kræver både mikroskopi og genanalyser. Man kan ikke stille diagnose på baggrund af en mutation alene – f.eks. BRAF-mutation findes både i godartede hjernetumorer og i modermærkekræft. Derfor er mikroskopi stadig nødvendigt forud for beslutningen om, hvilke molekylære analyser der skal bestilles. Alligevel har hverdagen som patolog ændret sig meget:

»Min hverdag som læge har jo ændret sig meget, fordi jeg er nødt til at afvente genundersøgelser, før jeg kan stille diagnosen. Dér, hvor jeg virkelig har gavn af vores molekylære folk, det er jo, når det ikke er entydigt; når der er noget, som ikke rigtig passer ind i vores kasser for, hvilke ting der skal være positive eller negative, for at vi kan stille med et svar. Det er jo en fortolkning ud fra store mængder data, og der har vores kliniske akademikere en viden, som jeg ikke har«, siger Benedicte Parm Ulhøi.

»Jeg vil ikke sige, at det – endnu – har ændret lægerollen. Det har ændret måden, jeg arbejder på, fordi jeg har relativt meget kontakt med molekylærfolkene. Og det er jo også sjovt, fordi det har været en ny verden, der har åbenbaret sig for mig«.

Akkreditering af analyser

Da den patologiske afdeling rykkede fra midtbyen og ud til Aarhus Universitetshospital i Skejby i 2017, havde de to kliniske akademikere. I dag er de seks samt en ledende akademiker.

»De er kommet med den efterspørgsel, der har været«, siger Vivi Raundahl Gregersen, der er uddannet bioinformatiker og har en ph.d. i molekylærgenetik – og oprindeligt arbejdede med husdyrsgenetik.

Hun kom selv til Aarhus Universitetshospital i 2023 efter i en årrække at have lavet software til CLC Genomics Workbench – præcis de analysetyper, som de bruger i dag.

»Det er jo en kæmpe fordel for min hverdag. Jeg har en ekspertviden om, hvad der sker bioinformatisk i vores analyser, og har jo tidligere f.eks. siddet og designet et workflow til cancerdiagnostik på samme panel, som vi nu er ved at køre ind. Det er et større projekt med et større panel, hvor vi kan lave mindre virtuelle paneler i, så vi faktisk kun kigger på det, der er interessant for patienten«, siger Vivi Raundahl Gregersen.

»Vi har heller ikke lov til at kigge i mere data end det, der faktisk er relevant. Derfor er det også en del af opgaven at sørge for at skærme alt det, der ikke er relevant. Der er en masse kommercielle værktøjer ude i verden, men de koster en formue. Så når vi selv kan lave nogle, der er mindst lige så gode, og som har lige præcis det formål, som vi skal bruge i vores daglige arbejde, så er det virkelig tilfredsstillende«.

Foruden dagligdagens fortolkningsarbejde og udvikling af dataflowet har de kliniske akademikere også en stor opgave med at få deres analyser akkrediteret, fordi rigtig meget af det ikke er IVDR-godkendt.

»Det er et kæmpestort arbejde med valideringsdesign, som kræver en masse sammenligning med tidligere resultater og referencemateriale udefra. Og det kræver en masse dokumentation og protokoller. Der er rigtig mange opgaver i sådan en validering«, lyder det fra Vivi Raundahl Gregersen.

»Vi er jo f.eks. også gået over til en strategi, hvor vi kører med et større testpanel, for at vi kan dække os ind – også i fremtiden – fordi der hele tiden sker ændringer i retningslinjerne, og vi skal helst kunne omstille os ret hurtigt. Det kan godt være, at det lige nu er lidt dyrere, men hvis man tænker den arbejdstid, vi skulle bruge, hvis vi skulle lave den her akkreditering på alle de små paneler, så ville det koste lige så meget i det samlede hele«.

Anerkendelse og stillingsstruktur

Vivi Raundahl Gregersen ser ikke for sig, at de nødvendigvis skal være flere kliniske akademikere på Patologi i Aarhus lige nu.

»Men jeg tror, at vi får nogle flere redskaber«, siger hun.

»Nu har vi lige fået en uddannelse, så vi kan blive specialister i molekylærpatologi. Jeg tænker også, at AI kommer til at spille en endnu større rolle for os – men vi skal selv ind og tjekke manuelt i rådata for hver eneste softwarevariantkald. Så vi kan i hvert fald ikke være færre, tænker jeg«.

»Da jeg startede på Patologi, var jeg en af de første, der blev ansat som klinisk akademiker, og sidenhen har vi fået en reel stillingsstruktur, hvor spor A er for kliniske akademikere«, forklarer Vivi Raundahl Gregersen.

»Men det er ikke sådan supernemt at optælle, hvor mange vi reelt er, fordi folk stadig bliver ansat med vidt forskellige titler«.

Hun oplever også, at det som faggruppe er svært at opnå anerkendelse på fod med mere etablerede faggrupper på et gennemsnitligt dansk hospital.

»Hvis du fortæller nogen, at du arbejder på et sygehus, så spørger folk altid, om du er læge eller sygeplejerske. Så der er noget med synlighed og en anerkendelse af, at der faktisk er andre faggrupper, som løfter opgaverne i sundhedsvæsenet, som jeg håber, at vi få igennem Dansk Selskab for Kliniske Akademikere«, siger Vivi Raundahl Gregersen.

Hun sidder selv i bestyrelsen for selskabet og er oveni tovholder for den arbejdsgruppe, som har til formål at arbejde for at etablere stillingsstrukturer og dermed karriereveje for kliniske akademikere. Det skal være muligt at udvikle sig over tid i den samme stilling inden for sundhedssektoren.

»Så snart vi indtræder i regionerne, så har vi ikke nogen form for stillingsstruktur og systematisk udviklingsforløb. I hvert fald ikke afspejlet i vores overenskomst. Vi har faktisk arbejdet med stillingsstrukturer her i afdelingen, og vi er f.eks. i gang med at få lov at blive specialister i molekylærpatologi. Men jeg tænker, at det bliver nemmere at få ordentlige forhandlinger i gang, hvis vi er repræsenteret som en samlet gruppe på tværs af afdelingerne«.